Las operaciones del Colegio comenzaron el 12 de agosto de 1981, al recibir la licencia Núm. 407 que otorga el Departamento de Instrucción Pública del Estado Libre Asociado de Puerto Rico, hoy Departamento de Educación, para operar como Institución Educativa con carácter privado en el Distrito Escolar de Río Piedras II, según disposición de la Ley Núm. 31 del 10 de mayo de 1976. El Colegio lleva a cabo su operación diaria en total cumplimiento con los requisitos de esta licencia, según expedida por el Consejo de Educación de Puerto Rico, y la mantiene vigente. En el año 1985 el Colegio recibe el Certificado de Acreditación donde se establece que éste cumple con los requisitos mínimos establecidos por la Ley Núm. 2 del 22 de agosto de 1958 según enmendada y las reglas y normas del Departamento de Instrucción. En el año 1994 el Colegio fue acreditado por la Middle State Association y mantiene esta acreditación vigente. Además, en el 2005 fue acreditado por la Comisión Acreditadora de Instituciones Educativas de Puerto Rico.

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El Colegio comenzó a ofrecer sus servicios bajo la administración de Rosinín Rodríguez Pérez, actual presidenta de la Junta de Directores de la Institución. Comenzamos con el nivel elemental, y debido a la gran acogida que tuvo por parte de la comunidad, en los años siguientes se incorporó el nivel secundario para satisfacer la demanda de los padres y de la comunidad interesada en matricular a sus hijos en este nivel.

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​La Congregación Mita, quien auspicia el Colegio, es una iglesia cristiana, establecida sobre el fundamento de apóstoles y profetas, cuya doctrina está basada en las Sagradas Escrituras y en un triple mensaje de amor, libertad y unidad.

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Los fundadores del Colegio, Teófilo Vargas Seín (Aarón), junto a Rosinín Rodríguez Pérez, presidenta de la Junta de Directores, preocupados por el deterioro de los valores espirituales, morales y sociales de la humanidad y dando cumplimiento a los dichos proféticos del Espíritu Santo de Dios deciden crear nuestro Colegio con la aprobación de los demás miembros de la Junta de Directores de la Congregación.​

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Además del compromiso que tiene nuestra institución con la educación del país, el Colegio Congregación Mita opera dentro de una filosofía educativa que destaca un compromiso cristiano y de servicio hacia la comunidad. Como parte de este compromiso y en cumplimiento con la Ley Orgánica del Departamento de Educación del Estado Libre Asociado de P.R., propiciamos una educación de excelencia dirigida al desarrollo de la personalidad, al énfasis en el cultivo de la sensibilidad de los valores afectivos y de la capacidad pensante del estudiante.